구순구개열 급여고시 문제도 결국 법원에 해결을 맡기게 됐다. 사단법인 한국치과교정연구회(회장 장순희)와 대한소아치과학회(회장 김재곤)가 행정소송과 헌법소원을 동시에 진행키로 한 것. 이를 위해 서을행정법원과 헌법재판소에 이미 소장을 접수한 상태로, 행정소송을 통해서는 '요양급여 고시 처분 취소'를, 헌법소원을 통해선 '보건복지부 고시 제2019-48호 위헌 확인'을 구한다는 계획이다.
이번 소송의 원고(청구인)는 김성오 교수(소아치과학회 법제이사), 이현헌 교수(서울아산병원 소아치과 과장), 최종석 원장(교정연구회 전 회장), 한상봉 원장(교정연구회 부회장), 김재구 원장(교정연구회 부회장) 등 5명이며, 원고측 소송대리인은 법무법인 태평양,  피고(피청구인)는 보건복지부이다.
이번 소송을 주도하고 있는 교정연구회 최종석 전 회장은 지난 20일 소아치과학회와 함께 가진 기자간담회에서 "헌법소원 청구기간이 사유를 안 날로부터 90일 이내이기 때문에 서둘러 소송을 진행하게 됐다"며, "이번 법령으로 인해 직업수행의 자유와 평등권을 침해당한 만큼 충분히 승산이 있다고 본다"고 자신했다.
김재곤 소아치과학회장도 "12세 미만 아동의 레진 급여를 소아치과 전문의에게만 허용한다고 하면 일반 치과의사들이 어떻게 느끼겠나?"면서 "이번 고시로 지금까지 문제없이 잘 해 온 치료를 못하게 된 것"이라고 설명했다.

두 단체는 이날 성명서도 함께 발표했다. ▲시술자의 자격을 제한하는 것은 의료인의 자격을 규정하는 의료법을 위반하는 동시에 환자의 선택권을 제한하는 것이며, ▲치과교정치료는 모든 치과의사가 시행할 수 있는 진료항목인 만큼 전문적인 시술의 가능여부는 치과의사의 능력에 관한 문제이므로 이를 급여조건에 둘 경우 진료권 제한에 해당한다는 것이 그 요지.
성명서는 이어 "그동안 구순구개열의 치과교정 및 악정형치료 급여 시행의 부당성을 지적하고, 치협과 보건복지부를 상대로 고시의 개정을 촉구해왔으나 보건복지부는 무책임한 답변으로 일관하고, 치협 집행부 역시 복지부에 협조공문을 보낸 이외에는 소극적인 태도를 보여왔다"면서 "따라서 전체 치과의사의 고유 진료권을 사수하고 특정 과목 전문의만을 위한 요양급여의 적용에 따른 일반적인 피해를 막아내기 위해 불가피하게 헌법소원심판 및 행정소송을 청구하게 됐다"고 배경을 설명했다.
최종석 원장은 "그럼에도 이번 소송의 목적은 치과계의 화합"이라며, "몇몇 단체들이 소송 참여를 제의해오기도 했지만, 순수한 의도를 유지하고 싶어 정중히 거절했었다"고 밝혔다. 이번 소송에 따른 비용은 한국치과교정연구회와 소아치과학회가 공동 부담한다. 

한편 지난 3월 26일부터 시행에 들어간 '요양급여의 적용기준 및 방법에 관한 세부사항' 일부개정령은 구순구개열의 치과교정 및 악정형 치료 급여기준을 신설하면서 ▲실시기관을 '치과교정과 전문의가 1인 이상 상근하는 요양기관 중 수련치과병원이나 (상급)종합병원 또는 치과병의원 중 (상급)종합병원과 협진체계를 구축하고 증빙서류를 제출한 경우'로, ▲시술자는 '치과교정과 전문의 자격을 취득한 자'로 제한해 개원가의 반발을 사 왔다.
일반 치과의사들은 3월26일 이전부터 교정치료 중인 환자가 지속적으로 같은 치과에서 치료를 원할 경우, 환자의 동의서와 향후 치료계획서를 제출한 경우에만 이를 인정받을 수 있다.